UFR de Physique

Présentation des enseignements

LM2 - EC: Outils Numériques Appliqués à la Modélisation

  • Description
  • Programme
  • Responsable
  • Documents

Modules

    UE non présente en Module M1
    UE présente en Module M2

Volume horaire

  • Cours : 0
  • Cours/TD : 16
  • TD : 0
  • TD/TP : 0
  • Stage : 0
  • Projet : 0
  • ATE : 0
  • TP : 8

Contenu du module

Ce cours est toujours distribué sur 2 groupes de travail, avec enseignants et programmes largement différencies. Un groupe est réservé aux étudiants du profil recherche Biophysique, l’autre groupe est réservé aux étudiants du profil pro Physique médicale.

Groupe 1 – Biophysique

1) Notions de bioinformatique. Lecture et analyse de sequences. Alignement. Codage.
2) Utilisation des bases de données standard (PDB) afin de récupérer la structure moleculaire
3) Méthodes de modélisation des structures et de la dynamique des biomolecules
4) Approches quantiques et mécaniques. Interactions moléculaires.
5) Mecanique statistique pour le numerique, ensembles, lagrangienne et hamiltonienne.
6) Applications à l’aide de logiciels freeware type «AutoDock», «NAMD» etc (TPs en salle)
7) Minimisation de la structure et dynamique de la molécule en solution aqueuse.
8) Experiences de greffage («docking») ligand-recepteur.
9) Traitement et visualisation avec des programmes de graphisme moléculaire.

Groupe 2 – Physique médicale

1) Méthode de Monte-Carlo pour l’étude de la propagation des rayonnements ionisants en milieu anisotrope   
2) génération de variables aléatoires
3) rappels sur les méthodes numériques de calcul (optimisation, modélisation...)
4) Théorie de base pour la simulation du transport des particules
5) Principaux codes utilisés
6) Applications au transport de photons et électrons (TPs en salle)
7) Méthodes de réduction de la variance
8) Visualisation et analyse des données de simulation
9) Méthodes statistiques d’analyse des données biomédicales

Responsable

Pier Luca Palla
IEMN
Adresse Mel : pier-luca.palla@isen.iemn.univ-lille1.fr
Téléphone :

Documents

Les enseignants peuvent mettre des cours et documents à disposition de leurs étudiants.

Ceux-ci sont centralisés sur la plateforme pédagogique Moodle de l'Université.

Plateforme pédagogique Moodle